Но сегодня обнаружил, что скрипт мой не работает, оказалось, что конфиг-файл NLog, не соответствует тому что был…судя по-всему после обновления он перезаписался. Как так?
Да, может быть такое. В описании обновления была ошибка в условии обновления файла, поэтому сейчас он обновляется в случае если он отличается от того что лежит у вас в папке.
В R24.05 мы поправим условие и служба обновления перестанет заменять исправленный файл. Пока вы можете ещё раз скопировать конфигурацию.