Сложно сказать, нужно больше времени на сбор статистики. Но предварительно, после удаления модулей вроде бы мелкие повисания пропали, но продолжительные нет. Возможно это разные проблемы, но возможно просто так все совпало. Буду дальше собирать статистику.
PS: Есть подозрения, что моя проблема связанна с этой темой Отключается локальная служба опроса локальная служба как то странно себя ведет.