Данный признак влияет только на то, из какого задания будет браться подключение в качестве подключения по умолчанию. Например, в списке точек учета в качестве индикатора постановки точки на автоопрос в соответствующей колонке вы будете видеть иконку типа канала связи подключения из задания, помеченного как основное. Или при открытии ручного опроса по точке учета, у которой несколько заданий автоопроса, будет выбрано подключение опять же из задания, помеченного как основное.
На сам опрос данный признак никак не влияет и не дает никаких приоритетов.