Думаю, что действительно логично для таких точек отключить расчёт небаланса. Я предлагаю пойти по пути, который был сделан для диагностики неисправности расходомеров.
Если у двухтрубной точки учёта задан только один расходомер, будем считать, что это узел с одним расходомером, и небаланс для него считать не нужно. Вместо этого будет отображаться прочерк. Соответственно, диагностика тоже не будет выполнена.
Настройка если и понадобится, то общая, в системных параметрах. Если её включить, при расчёте небаланса будет учитываться наличие расходомеров на магистралях точки.
Если такой способ подойдёт, сделаем в следующей версии 3.60.