У нас нет информации по этому поводу, так как подобным способом обновления SQL Server в своей практике пользоваться не приходилось. В целом проблема возникает из-за наличия определенного ограничения в используемой вами версии SQL Server, поэтому, если после выполнения обновления описанным вами способом у него изменится выпуск на один из поддерживаемых в ЛЭРС УЧЕТ, то этого ограничения в нем не будет, а значит ошибка должна будет перестать возникать.
Дополнительных действий с БД с использованием каких либо утилит ЛЭРС УЧЕТ после перехода на один из поддерживаемых выпусков SQL Server не требуется.