Добрый день,
Возможно изменять цветовой профиль карты в Мнемосхема v2?
Когда размещаешь флажки точек учета на карте - зеленый цвет сильно сливается с картой. И пропадает наглядность 
Нет, в Мнемосемах v2 нет возможности менять цветовые профили географических карт. Единственное вы можете сделать карту векторной, разработать для нее подложку в виде svg файла с нужными цветами и использовать данную подложку.