Под системой запускается только служба обновления. Остальные наши сервисы только СЕТЕВАЯ СЛУЖБА или NETWORK SERVICE. То, что у вас сервер стал работать под системой означает, что параметры его службы были изменены. Вы можете попробовать поменять пользователя, но тот факт, что кто-то изменял параметры службы это не отменит.
В таких условиях сложно прогнозировать что случилось с правами на папку.
Как видно из вашего последнего скриншота, сейчас службы запущены под корректными пользователями, что совпадает с скриншотом после чистой установки, представленным @achi.
Файлы журналов работы Сервера ЛЭРС УЧЕТ занимают место в зависимости от активности Сервера ЛРС УЧЕТ. Чем активнее работа вашего Сервера, тем больше занимают места файлы журналов. Если активность вашего Сервера сохранится на том же уровне и всегда будет такой в дальнейшем, то и размеры журналов в среднем будут примерно такого же размера. Но если активность Сервера увеличится, то и размеры файлов журналов его работы тоже могут увеличиться.