Периодически появляется ошибка, как я понял с правами доступа или что-то рядом с этим
на вкладке при удалении НС, или при запуске ручного опроса
Убедитесь что у вас установлена текущая версия ЛЭРС УЧЕТ 3.65.5 и ситуация воспроизводится именно в ней. Если это так, включите отладку Сервера, подключитесь к Серверу с АРМ на его компьютере, воспроизведите ситуацию еще раз и приложите журнал работы Сервера с отладочной информацией за день выполнения текущих шагов, сообщив время ее воспроизведения.