Думаю вы можете оставить сервер БД на текущем ПК, работающим на W Server2008, а сервер лэрс учет установить на отдельный ПК под Linux и там указать подключение к БД MSSQL. В таком случае миграция будет дейстивтельно безболезненной.
Либо можно воспользоваться утилитой переноса и разместить сервер БД и сервер ЛЭРС УЧЕТ на одном ПК. Но там есть нюансы…