Сами по себе они удалиться не могли. В ЛЭРС УЧЕТ не существует попросту функционала, который бы удалял по своему усмотрению настройки пользовательских НС. Только по команде оператора.
Выяснить что происходило в вашей БД за столь длительный период практически невозможно. Журналы работы Сервера хранятся только за последние 8 дней. Если настройки НС были удалены кем то из пользователей, то в Системном журнале вы увидите только сообщение об изменении объекта. А если вы восстанавливали БД из резервной копии, в которой этих НС еще не было заведено, то и каких либо следов и вовсе найти не удастся.
Вернуть можно только восстановлением БД из резервной копии, в которой эти настройки НС присутствуют.