WEB-сервер, я так понял, эти внешние модули не видит и работать с ними не может?
Да, не видит и не может. Для веб-интерфейса эти функции надо разрабатывать отдельно. Заявки принимаются через раздел Предложения по улучшению ЛЭРС УЧЕТ.
Можно уточнить , работа какая нибудь сделана ?
В планах реализация функционала, позволяющего запускать внешние модули в Веб-интерфейсе, не стоит. Каких либо предложений по добавлению такого функционала, на сколько мне известно, так и не поступило, поэтому данный вопрос даже не рассматривался.