При выполнении групповой операции легко упереться в таймаут заданный в клиенте. Запросы выполняются последовательно с каждым элементом групповой операции, потому следует применять таймаут иначе - {таймаут в параметрах клиента} * {количество элементов групповой операции}
Попробовал на 3000 квартирных точках. Установил 10 сек. таймаут запроса в параметрах клиента и выполнил операцию “настройка расчёта и хранения”. Операция заняла ~7 минут и все точки учёта были успешно изменены.
Подскажите, акая ошибка у вас появляется “Истекло время ожидания запроса…” или какая-то другая?